目前檢測多仍采用一此條件致病菌為間接指標。腸道傳染病以大腸桿菌為指標，呼吸道傳染病以溶血性鏈球菌為指標。肝炎病毒近年表面抗原，DNA聚合酶以及電鏡觀察，甲肝病毒分離等為指標。如消毒前后均未檢出大腸桿菌或溶血性鏈球菌，則可以消毒后自然菌總數率低的百分率評價，消毒后自然菌總數下降80%以上為效果良好，降低70%為較好。減少60%以上為一般，減少60%以下為不合格。　　具體檢查方法：　　1．物品表面檢查在消毒物品相鄰部位劃出2個10cm2范圍，消毒前后別以無菌棉簽采樣，接種后培養24～48小時觀察結果。　　2．排泄物檢查消毒前后各取0.2ml排泄物的稀釋液接種肉湯管，37℃培養24小時后再取樣轉種相應的培養基，24～48小時后觀察結果。　　3．空氣消毒效果檢查一般用自然沉降法。消毒前后在消毒的空間不同平面和位置。放置4～5個平面，暴露5～30分鐘后蓋好，培育24～48小時觀察結果。