李斯特菌暴發(fā)致3人死亡并且迫使美國得克薩斯州藍(lán)鈴冰淇淋公司在上個月底召回其全部產(chǎn)品，這是遺傳流行病學(xué)如何正在改變食源性疾病檢測的最新例子。

兩年前，位于亞特蘭大的美國疾病控制和預(yù)防中心（cdc）啟動一項試點計劃，測序與某種疾病相關(guān)聯(lián)的每個李斯特菌樣品的dna。總共算下來，每年大約要測序800個。

cdc醫(yī)學(xué)流行病學(xué)家brendanjackson介紹說，新的檢測方式能發(fā)現(xiàn)食品安全體系中存在的空白，同美國食品藥品監(jiān)督管理局（fda）采取的類似方法一起使用時尤為如此。fda會對來自食物以及從工廠到物流中心的食物準(zhǔn)備場所的樣品進(jìn)行測序。

在藍(lán)鈴事件中，一名思維敏捷的護(hù)士最先將堪薩斯州的5個病例同被污染的冰淇淋聯(lián)系起來。在一年多的時間里，威奇托市傳染病預(yù)防和控制協(xié)調(diào)員k?覿renbally及其團(tuán)隊一直在尋找同這種在2014年1月以單一病癥開始的傳染病有關(guān)聯(lián)的任何東西。傳統(tǒng)的流行病學(xué)工具沒有任何發(fā)現(xiàn)，從飲食記錄上也未看出什么。同時，利用dna分析標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)進(jìn)行的分析顯示，來自最初4個病人的李斯特菌樣品看起來毫不相關(guān)。

當(dāng)?shù)?位患者在2015年年初病倒時，標(biāo)準(zhǔn)dna分析最終顯示其同之前的一個病例存在關(guān)聯(lián)。堪薩斯州將樣品送到cdc確認(rèn)。全基因組測序顯示，兩個李斯特菌樣品幾乎完全匹配。不過，他們?nèi)詿o法找到源頭。

bally和她的團(tuán)隊搜索了fda的召回令以及報道受污染食品的社群，但一無所獲。隨后，她聽說藍(lán)鈴冰淇淋公司的一家銷售商存在質(zhì)量問題。bally不知道的是，fda的抽樣已在藍(lán)鈴一家位于南卡羅來納州的配送中心發(fā)現(xiàn)了李斯特菌，而且檢測員已將其追溯到位于得克薩斯州的生產(chǎn)基地。

bally打電話給堪薩斯州衛(wèi)生部門，后者又聯(lián)系了剛剛測序完受污染冰淇淋樣品的fda。當(dāng)他們將這些結(jié)果同cdc樣品進(jìn)行比較時，又發(fā)現(xiàn)了一對匹配樣品。隨后，cdc研究了其他懸而未決的李斯特菌病例。通過測序仍在庫存中的樣品，他們確認(rèn)了追溯到2010年的另外5個病例。

“這是我們沒有經(jīng)歷過的事情，能研究這么久以前的病例。”jackson說，盡管目前需要很多工具追蹤疫情，但全基因組測序“讓結(jié)果完全不同”。