自2001年國務院頒布《農業轉基因生物安全管理條例》以來，衛生部與農業部都據此出臺了配套規章，其中，2002年，由衛生部頒布的《轉基因食品衛生管理辦法》與農業部《農業轉基因生物標識管理辦法》都同時對轉基因標識作出要求。
不過，這兩套法規中明顯不能重疊的地方造成了如今轉基因標識管理的困境。
“目錄”十年未更新
10月26日，《人民日報》發表《轉基因食品，我們如何‘明白你”》一文，其中援引中國農業大學教授黃昆侖的解釋稱，“我國實施與國外相比較為嚴格的按目錄、定性、強制標識制度，目前已有5類17種在售轉基因生物均已標識”。
《農業轉基因生物標識管理辦法》的“5類17種”包括轉基因大豆、玉米、油菜、棉花、番茄五大類的種子及其直接加工制品。(附表)
第一批實施標識管理的農業轉基因生物目錄
大豆種子、大豆、大豆粉、大豆油、豆粕
玉米種子、玉米、玉米油、玉米粉
油菜種子、油菜籽、油菜籽油、油菜籽粕
棉花種子
番茄種子、鮮番茄、番茄醬
但根據《消費者報道》的檢測，華潤萬家2款豆腐含有轉基因成分，豆腐并不在標識管理范圍之內。(詳見《轉基因標識亂象一：華潤萬家兩款豆腐含轉基因大豆成分但未標識》)
“目前的目錄難以涵蓋所有轉基因食品，漏洞很大”，農業部轉基因植物環境安全監督檢驗測試中心(武漢)常務副主任盧長明告訴記者，“除去許多豆制品未列入標識外，與菜籽油、花生油并列三大食用油的棉籽油，大部分都是轉基因棉籽制取，也不在標識管理范圍內。”
從食品的角度來說，衛生部的法規顯然范圍大許多。根據《轉基因食品衛生管理辦法》第十六條的規定，食品產品中(包括原料及其加工的食品)含有基因修飾有機體的，要標注“轉基因××食品”或“以轉基因××食品為原料”。同時，衛生部對轉基因食品的生產經營組織定期或者不定期監督抽查，并向社會公布監督抽查結果。
多部門交叉的“空白地帶”
標識出現很多亂象的原因，在中國消費者權益保護法研究會副會長兼秘書長劉俊海看來，“這是因為監管環節出現了問題，目前已有法規的執行力度還不夠，含有轉基因的沒有標識也沒被問責，造成企業沒有動力標識。”
《農業轉基因生物標識管理辦法》中明確，縣級以上地方人民政府農業行政主管部門負責本行政區域內的農業轉基因生物標識的監督管理工作。
但《消費者報道》從廣東省農業廳了解到，從事農業轉基因生物及其加工品的生產、經營單位和個人提出標識審查認可申請，經審核后頒發《農業轉基因生物標識審查認可批準文件》，并列入監管名單。但對監察范圍是否僅限于“目錄”種類，是否經過抽查檢測等問題未進一步回復。
根據國家質檢總局《食品標識管理規定》第十六條規定，屬于轉基因食品或者含法定轉基因原料的食品，應當在其標識上標注中文說明，由地方質量技術監督部門在其職權范圍內負責本行政區域內食品標識的監督管理工作。
在標簽管理抽查中轉基因標識的檢測并非常規項。目前除進出口商品抽檢名單中出現少數未標識的不合格產品外，國內并無市場轉基因標識監測抽檢結果的公開信息。
對此，劉俊海表示，為保障消費者知情權，落實監管需要多部門信息共享，農業部出臺政策監督農產品領域，流通領域由工商、質監部門負責合力打造全方位監管機制，消除“空白地帶”。
“零容忍”的十字困境
參比國際上的多種轉基因標識管理制度，中國目前的強制標識制度被解讀為“零容忍”、“0閾值”。
“但全面的標識監管意味著增加巨大的管理成本”，作普作家方舟子認為，“目前經過國家安全評價認可批準上市的農作物，沒有必要要求特別標出來，否則會形成暗示，不利于客觀傳遞轉基因科學信息。”
美國和加拿大施行的是自愿標簽制度。國際食品信息委員會國際關系副主任安迪？本森解釋FDA(食品和藥物管理局)的原則是：標簽不應該造成對已經證明是安全的食品的不正確的負面理解，標簽上的所有表述都應該公平、開放并且得到大眾的正確解讀。
同樣施行強制標識的歐盟規定，所有轉基因食物均須附有標簽，包括加工食物。如果傳統食物如意外地混雜了超過0.9%的轉基因物質，亦須加上標簽。
研究轉基因標識制度的暨南大學姚瓊教授曾對各國要求作了對比。她告訴《消費者報道》記者：“國內標識制度可操作不強原因在于向消費者傳遞信息過于簡單，僅是‘轉基因’或者‘非轉基因’，有關規定沒有明確如因意外混雜入傳統食物的轉基因物質的容許量，如日本為5%的閾值管理。”
“中國的轉基因標識標準是全世界最嚴格的，但這種‘零容忍’標準既不科學，也不與國際接軌。在實際操作中，給監管帶來了難題。”一向對轉基因持謹慎立場的綠色和平組織農業項目負責人俞江麗說。
