公立醫院在新醫改中面臨的困境在于：

　　整體支出水平面臨著巨大的剛性增長壓力，醫療服務活動過程中所發生的“人、財、物”耗費支出，均與醫院的醫療業務量有直接的正向關聯，伴隨著人民群眾日益增長的醫療衛生需求以及社會公用事業成本的持續升高，而不可避免出現增長。

　　而收入主要來源于藥品、醫療收入和財政補助收入。新醫改政策對藥品收入進行了嚴格限制，隨著回歸公益性的要求，藥品加成率進一步降低，藥品收入逐漸減少并有可能取消；財政補助收入水平比例卻仍偏小并且嚴重不足，新醫改后政府對公立醫院的財政補助總額持續增加，但根據《中國衛生統計年鑒》數據，財政補助收入占公立醫院總收入的比例也僅從2009年的5.99%提高到了2011年的8.52%。

　　依據“結余=收入-支出”這個基本的經濟運營等式，醫院的收入與支出之間的差距將進一步拉大，醫改政策實施后，公立醫院收支結余普遍大幅縮減，結余為負的虧損狀況時有發生，并有趨于常態的趨勢。

　　困境中的公立醫院敏銳地發現：等式中剩下的唯一現行政策沒有限制的因素就是醫療收入。隨之應運而生的措施就是：提高醫務人員勞動強度，延長勞動時間，分解住院，增加返診等多種途徑來增加醫療業務量；大量提供如檢查、化驗和特需等盈利診療項目等。這樣，公立醫院似乎既保證了自身的持續發展，又滿足了現行公益性考核的需求。

　　但這條現實中的“脫困之路”，對于廣大病人群體和醫務工作人員來說，公益性回歸的效果卻大打折扣：大幅提高醫務工作強度和勞動時間，嚴重增加醫務工作者的工作壓力與負擔，由此必然影響醫療服務質量和醫務工作者的工作積極性。隨之而來的是“以檢養醫”的新問題，嚴重違背了公益性中提供醫療衛生服務適宜性的要求。

　　這就迫使我們有必要重新審視和完善新醫改以來公立醫院公益性回歸的一系列政策，公立醫院改革并不是簡單選擇“公益”或者“生存”的道路問題，它涉及到一系列體制性、結構性問題，受到思想觀念、體制機制、資金短缺等多方面的約束，這就注定了公立醫院回歸公益性的改革是逐漸完善、逐步推進的過程。我們須在實踐中找到一條引導公立醫院真正回歸公益性的破局之路：

　　一、完善公益性考核指標體系。增加對盈利診療項目如檢查、化驗、特需收入的控制指標，增加對短時間內的重復掛號、分解出院、返診率等情況的監控指標，清除考核盲點，盡快建立一套統一的、可量化的、可以多角度描述和測量的考核體系，進而糾正公立醫院違背公益性要求的具體醫療行為。

　　二、完善財政補償機制。財政應當出資給予公立醫院既可彌補虧損，又不影響其提高效率的積極性的合理補償。

　　三、完善醫療服務價格調整機制。目前醫療收費標準統一由省、市、自治區物價部門、財政部門會同衛生主管部門制定，醫療收費標準政策性很強、醫院只能被動執行。而醫療服務價格的調整遠遠落后于市場價格的升速，今后應對醫療服務價格進行及時調整。價格政策調整后，針對“看病貴”問題，對價格政策的補償除了財政之外的另一種可能方式就是通過醫保對虧損性的服務提供補助，讓醫療保險來吸收價格提升帶來的費用增長，使患者自己支付的費用水平保持不變。

　　四、完善醫院內部績效考核制度。應當圍繞醫院崗位工作量、醫療質量、病人滿意度、病種難易度、科研教學質量、成本和醫療費用控制等核心要素，建立醫院內部績效考核指標體系，杜絕將藥品、檢查等收入與科室和醫務人員個人收入分配掛鉤，從個人激勵方面糾正醫務人員的逐利行為，確定醫務人員合理的工資薪酬水平，從而進一步控制公立醫院人員經費的不正常增長，優化衛生資源的配置。提高公立醫院自身發展潛力和實力，為公益性實現奠定內部基礎。