隨著iPhone SE的發布，其軟件版本iOS也正式更新到了9.3。新版系統加入了四大功能，第一是Night Shift，手機可以根據你的地理位置來確定當地時間，從而改變屏幕的色溫，達到保護眼睛的目的，也就是我們常說的護眼模式，不過它會自動開啟，更加智能；第二是備忘錄可以添加指紋密碼，使其更加完全，另外在實用性方面也有了不過的改善；第三是健康功能，目前已經有2500個應用，并且還在持續增加。最后還增加了新聞(News)和車載(CarPlay)，其中車載部分合作的汽車廠商已增加至150多個，并且還在增加新功能。

　　另外就是一些你在用戶級無法察覺到的變化了，例如BUG修復和系統優化等等。目前只要是iPhone5以上型號的手機均可以進行升級。如果你從9.2直接升級到9.3版本，則會趕到其流暢度有了明顯的改善，尤其令人發指的下拉全局搜索的掉幀這一現象，以后就不會出現了。另外，當你看到這篇文章的時候就已經可以在設置中下載更新了。