在正常運行一段時間后，反滲透膜元件會受到在給水中可能存在的懸浮物質或難溶物質的污染，這些污染物中最常見的為CaCO3、硫酸鈣垢、金屬氧化物垢、硅沉積物及有機或生物沉積物。 污染物的性質及污染速度與給水條件有關，污染是慢慢發展的，如果不在早期采取措施，污染將會在相對短的時間內損壞膜元件的性能。