嫁接口比較接近地面，菜農在進行操作時有時會將嫁接口埋沒，從而導致嫁接口處易感染疫病、莖基腐病等。疫病的典型癥狀是發病初期嫁接口上下的莖基部呈水浸狀，并逐漸腐爛、變黑、然后縊縮，嚴重時導致死棵；而莖基腐病發病初期在莖基部的一側出現凹陷的黑褐色小斑點，隨著病情發展病點連成片形成梭形或長條形病斑，病斑繞莖一周后導致死棵。對于疫病，菜農可用72.2%普力克600倍或安克1000倍等進行噴淋灌根防治；莖基腐病可用20%甲基立枯磷1000倍噴淋灌根防治。對于沒有發病的植株，菜農可以使用百菌清涂抹莖桿，預防這些病害的發生，同時在日常管理時，還要注意嫁接口處不要與土壤接觸，以防這兩種病害的侵染。

　　當棚內的空氣濕度較大時，會在茄子的嫁接口處凝結露水，給細菌性病害的侵染創造了條件，導致嫁接口處莖基部的表皮腐爛，并有菌膿溢出。菜農在預防細菌性病害時可以將地膜覆蓋到嫁接口以下，從而減少嫁接口處的空氣濕度，保持嫁接口處莖部表皮的干燥，減少細菌性病害的侵染；菜農也可使用50%DT500倍噴淋預防，重點噴淋嫁接口處。