不同氨基酸會形成不同的二級結構；延展的結構是為了給氨基酸側鏈留下再大的自由空間，因此，那些有大量巨大側鏈的氨基酸容易形成β折疊結構。這些氨基酸有：Tyr，?Trp（有時Phe，?Met）僅僅因為非常大，?Val，?Thr因為分支的β?碳是巨大而且非常占空間的；Cys在β?碳上有一個大的硫原子；β?碳是側鏈上的第一個原子，因此巨大的側鏈使主鏈非常擁擠。如果巨大基團在第二個碳上，如Leucine，則很少引起這種問題。

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判斷易形成α螺旋氨基酸的主要依據是氨基酸側鏈包裹保護在螺旋核心的主鏈的氫鍵不被周圍的水分子干擾：

容易形成α螺旋的有Ala，?Leu，?Met，?Phe，?Glu，?Gln，?His，?Lys，?Arg

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下面列舉的氨基酸有可以打亂二級結構形成的側鏈，被叫做二級結構阻斷者（Breaker），?包括Gly，?Pro，?Asn，?Asp，?Ser：

在Gly中，側鏈只是一個單一的氫原子，太小不能保護主鏈的氫鍵被周圍的水分子影響。

Pro比較特殊因為它的側鏈直接連于主鏈的N上，占據了形成氫鍵的位點。

在Asp，?Asn，?Ser中側鏈在與附近主鏈N-H或C=O基團形成氫鍵的理想范圍之內。因此實際上這些氨基酸并不是保護附近的氫鍵而是干擾它們。

一群Breaker會使該區域形成轉角或環，因為干擾了周圍氨基酸的正常二級結構而且形成二級結構環。

???現在有很多的資料和計算機軟件可以提供氨基酸的分子量和形成各種結構的可能性，有些軟件還可以根據給出的序列預測其二級結構。氨基酸之間形成的二級結構是相互作用影響的。比如只有幾個易形成α螺旋的氨基酸分散在易形成β折疊的序列中，最后呈現出來的是β折疊結構.?在一條多肽中，如果連續6個或更多氨基酸的段中有60%的為易形成α螺旋的同時少于20%的Breaker，則很容易形成α螺旋；如果在5個以上氨基酸的段中有60%的容易形成β折疊而少于20%?Breaker，則容易形成β折疊；2個或2個以上的breaker出現在4個氨基酸的段中則會導致轉角或環