三九集團組建于1991年12月,由原國家經貿委、中國人民解放軍總后勤部批準成立,其前身是總后勤部所屬企業深圳南方制藥廠。集團以醫藥為主營業務,以中藥制造為核心,同時還涉及工程、房地產等領域。目前,集團擁有上市公司 三九醫藥 以及20多家通過GMP認證的醫藥生產企業,擁有近1000個中西藥產品和覆蓋全國的醫藥銷售網絡。并已建成國家級企業技術中心,部分項目列入國家 863 計劃,曾多次獲國家及省部級技術進步獎項。集團還培育了聞名國內外的三九品牌,中國馳名商標 999 多次被國家權威機構評為 中國最高認知率商標 。根據北京名牌資產評估有限公司發布的2005年度中國最有價值品牌評價, 999 品牌價值為83.06億元。2006年1月10日, 中國品牌研究院發布 中國100最具價值馳名商標 排行榜, 三九商標位居藥品行業第一位。
集團自成立以來,先后榮獲 全國用戶滿意企業 、 全國質量效益型先進企業 、 全國先進集體 等榮譽稱號。