瓊脂糖是線性的多聚物，基本結構是1,3連結的β-D-半乳呋喃糖和1,4連結的3,6-脫水α-L-半乳呋喃糖。瓊脂糖在水中一般加熱到90℃以上溶解，溫度下降到35-40℃時形成良好的半固體狀的凝膠，這是它具有多種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠性能通常用凝膠強度表示。強度越高，凝膠性能越好。

　　瓊脂糖凝膠的配制大體流程如下：

　　稱量、熔膠、倒膠、拔梳。

　　1.稱量 我們通常所說的0.8%、1%的膠都是指的質量體積分數，即所稱取的瓊脂糖粉的質量(g)比所加的TBE緩沖液的體積(mL)即膠的濃度。緩沖液的體積根據膠板的大小而定。如小膠板0.8%的膠需要瓊脂粉0.104g，TBE13mL。

　　2.熔膠 將所稱量的瓊脂粉與TBE在錐形瓶中混合，在微波爐內反復加熱2~3次至瓊脂粉溶解并無氣泡。

　　3.倒膠 干凈的膠槽內擺好梳子，往膠內滴加1uL左右核酸染料，混勻，待冷卻至不燙手，輕輕倒入膠板內。

　　4.拔梳.待大約20min后，輕輕拔掉梳子(若不好拔，可以滴加適量的TBE緩沖液)。

　　瓊脂糖凝膠是依靠糖鏈之間的次級鏈如氫鍵來維持網狀結構，網狀結構的疏密依靠瓊脂糖的濃度。一般情況下，它的結構是穩定的，可以在許多條件下使用(如水，pH4-9范圍內的鹽溶液)。瓊脂糖凝膠在40℃以上開始融化，也不能高壓消毒，可用化學滅菌活處理。

　　瓊脂糖Agarose，縮寫為AG，是瓊脂中不帶電荷的中性組成成份，也譯為瓊膠素或瓊膠糖。瓊膠糖化學結構由β-D-吡喃半乳糖(1-4)連接3,6-脫水α-L-吡喃半乳糖基單位構成. 把瓊脂糖，即幾乎不含硫酸根的主要成分為多糖的瓊脂，溶于熱水，冷卻制成的凝膠。制成的小顆粒用于凝膠過濾。適于用sephadex不能分級分離的大分子的凝膠過濾，若使用5%以下濃度的凝膠，也能夠分級分離細胞顆粒、病毒等。利用其吸附性小的特點，有時用它代替瓊脂、以作為免疫電泳或凝膠內沉降反應的支持物。

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