原因之一在于改革和發展模式選擇中過分重視經濟增長，包括醫療衛生事業在內的社會事業發展沒有得到應有的重視。經濟體制改革開始以后，由于體制基礎的變動，傳統的醫療衛生體制特別是醫療保障體制受到了嚴重沖擊，實際的保障范圍迅速下降。面對這種現實，在相當長時間內都沒有形成明確的體制調整和事業發展思路，而是被動地修修補補、維持局面。醫療衛生體制改革逐步提上議事日程后，在改革的目標設定上存在明顯的偏差。更多地是服從于其他體制改革的需要，將醫療衛生體制改革視為一種工具性政策，忽視了其服務于保護公眾基本健康權利目標的重要性。 原因之二是對醫療衛生事業的特殊性缺乏清醒的認識。在服務體系改革和建設方面，簡單將醫療服務機構視同于一般企業，選擇了一條過度市場化的改革道路。集中計劃體制解體以后，醫療服務機構從全部依靠政府撥款，轉向在相當程度上依靠醫療服務收入，強化自身經濟核算是正確的選擇。但政府因此而放棄自己的責任，企圖通過鼓勵創收來實現醫療服務機構的自負盈虧，就偏離了醫療衛生服務于社會的大目標。醫院與社會、醫務人員與患者之間的信息是不對稱的。鼓勵醫療衛生機構追求經濟目標，必然損害社會和患者的利益。在醫療費用籌集與分配方面，忽視疾病風險與個人經濟能力之間的矛盾，忽視風險分擔與社會共濟，也違背了醫療衛生事業發展的基本規律和要求。此外，將醫藥生產流通企業視同一般的生產企業，放棄了必要的監督和規制，也是一個明顯的失誤。 原因之三是其他方面的體制變動對醫療衛生事業發展的影響。其中最突出的是財政體制的變動因素。80年代實行多種形式的財政分級包干體制以后，醫療衛生事業發展的責任特別是政府的投入責任主要由地方財政承擔。由于地區間經濟發展水平和地方財政能力上存在很大差距，使得不少落后地區缺乏發展醫療衛生事業的基本能力，以至不得不采取一些錯誤的改革和發展方式。90年代稅制改革以后，中央財力有了很大增強，但依然沒有形成有效的轉移支付制度。另外，醫療衛生事業管理體制上的條塊分割，也導致了改革方向和目標上的不協調、不統一問題。 原因之四是既得利益群體的影響。醫療衛生事業發展在總體上陷入既不公平也缺乏效率境地的同時，自然會產生既得利益群體。在前一階段醫療衛生體制的市場化改革中，既得利益群體主要是部分醫療服務機構和從業人員，以及部分享受較高醫療保障待遇的社會成員。由于信息不對稱、談判能力的差別，以及其他體制缺陷因素的存在，既得利益群體對改革方向的影響不容忽視。它是導致合理的改革措施難以推行，醫療衛生事業發展逐步偏離合理方向的一個重要因素。