醫院污水處理，通常包括一級處理和二級處理。一般地說，若處理后出水排入市政下水道，通常只進行一級處理；若處理后出水直接排入河道，則需進行一級處理和二級處理；對排放標準嚴的地區，為防止水體的富營養化，需進行除磷脫氮三級處理。對酸性廢水、洗相廢水、放射性污水等特殊的醫院污水，應進行嚴格的收集和處理。有些地區為緩解供水緊張的矛盾，已進行醫院污水的深度處理和循環利用。實際采用何種方式處理醫院污水，應綜合考慮污水的來源、污水的流向及當地的供水情況等多方面因素。另外，醫院污水處理一個非常重要的方面，就是必須進行消毒處理，以殺滅各種病原微生物。